Nguồn gốc xa xưa của họ Huỳnh ở Thới Bình hay nguồn gốc của ông Huỳnh Văn Cửu là một dấu hỏi lớn cho cả dòng họ. Những con cháu lớn tuổi nhất còn sống của ông Cửu chỉ biết rằng ông xuất thân từ Miền Trung, ở khu vực Quảng Nam, Quảng Ngãi. Các cháu đời thứ 6 như Huỳnh Hữu Ích, Huỳnh Văn Tứ, và Huỳnh Ngọc Diệp cất công tìm hiểu nhưng tìm kiếm thông tin ngược dòng thời gian quả là một việc làm vô cùng phức tạp.
Cho tới nay có hai giả thuyết về nguồn gốc họ Huỳnh đáng được quan tâm. Giả thuyết thứ nhất: họ Huỳnh có nguồn gốc từ họ Hoàng ở Miền Bắc. Khi họ Hoàng theo chúa Nguyễn Hoàng vào phía Nam lập nghiệp, do chữ Hoàng trùng với tên chúa nên đổi thành họ Huỳnh. Giả thuyết thứ hai: họ Huỳnh có nguồn gốc từ họ Mạc của Mạc Đĩnh Chi. Sau khi nhà Mạc thất thế, để bảo toàn và phát triển con cháu trước các thế lực phong kiến đối lập, một số con cháu họ Mạc chuyển sang họ Huỳnh. Các bằng chứng ghi chép về hai giả thuyết này đều rất hạn chế do bị mai một theo dòng thời gian.
Tổ xa nhất được biết đến của họ Huỳnh ở Thới Bình là ông Huỳnh Văn Cửu. Con cháu luôn tự hào về người ông đã góp công mở mang bờ cõi đất nước về phía Nam. Con của ông Cửu là ông Huỳnh Văn Trường có công xây dựng Đình Thần Thới Bình, ghi lại dấu ấn dòng họ Huỳnh trên đường chinh Nam đi mở cõi. Đình Thần Thới Bình hiện nay được nhà nước công nhận Di tích Lịch sử Văn hóa. Con cháu các đời tiếp theo kế tục truyền thống cha ông khai hoang lập ấp góp phần xây dựng Thị trấn Thới Bình phồn thịnh như ngày nay.
Từ đời thứ 6 trở đi, do vận nước đổi thay, nhiều người con họ Huỳnh Thới Bình tỏa ra khắp mọi miền đất nước và cả ở nước ngoài. Nhưng dù ở đâu, tất cả luôn hướng về cội nguồn, chung tay xây dựng và phát triển họ Huỳnh, phát triển nòi giống Con Lạc Cháu Hồng.